Amsterbaken heeft 4 normaal beveiligde afdelingen – IJhaven, Coenhaven, Sonthaven en Vlothaven – waar jongens 24 uur per dag verblijven. Zij volgen een dagprogramma met onderwijs, behandeling, trainingen en cultureel-maatschappelijke activiteiten.Daarnaast zijn er twee beperkt beveiligde afdelingen: Westerdok en Oosterdok. De jongens die hier verblijven gaan buiten Amsterbaken naar school, werk of stage. De avonden, nachten en weekenden brengen ze door in Amsterbaken.

Binnen de afdelingen is er nog een onderscheid:
-    kort verblijf: maximaal 3 maanden, 10 personen.
-    lang verblijf: langer dan 3 maanden, 8 personen

Wie verblijven er?
In Amsterbaken verblijven jongens die hier door een kinderrechter zijn geplaatst. De redenen voor een rechter om een jongen in Amsterbaken te plaatsen zijn:

- voorlopige hechtenis;
- plaatsing in een Jeugdinrichting (PIJ);
- jeugddetentie;
- kortdurende correctie van maximaal veertien dagen voor jongens die tijdelijk
  uit een andere inrichting geplaatst moeten worden;
- gesloten bewaring van minderjarige vreemdelingen;
- nachtdetentie.

Dagprogramma
Tijdens het verblijf in Amsterbaken volgen de jongens vijf dagen per week een programma dat bestaat uit onderwijs, training en behandeling. Dit zijn algemene blokken en specifieke, op de individuele problematiek afgestemde interventies. Het verblijf is ingericht in 5 fasen:

Fase 1: intake, screening en toekomstplan
Fase 2: Verantwoordelijkheid leren dragen
Fase 3: Werken aan persoonlijke ontwikkeling
Fase 4: Voorbereiden op een nieuw leven
Fase 5: Weer buiten

School
Jongens gaan in Amsterbaken naar school. De lessen worden verzorgd door het Altra College. Jongens van de beperkt beveiligde afdelingen gaan buiten Amsterbaken naar school, werk of stage.

Behandeling
De jongens leren in Amsterbaken zelf hun leven te veranderen en zelfstandig te worden. Hiervoor wordt de methode YOUTURN gebruikt.  Met behulp van YOUTURN leren ze kijken naar hun eigen gedrag. Hoe maak je fouten, hoe kun je ze achter je laten en problemen voorkomen? Het gaat er om dat een jongen leert om in moeilijke situaties voortaan betere keuzes te maken. Daarnaast krijgen jongens extra individuele behandeling, bijvoorbeeld een training of een therapie.

Amsterbaken ontwikkelt ook zorgprogramma’s op het gebied van agressie, verslaving, psychiatrisch kwetsbaren en internaliserende problematiek. Hierbinnen worden methodieken ingezet, waarmee jongeren op maat en individueel behandel worden. Amsterbaken ontwikkelt de zorgprogramma’s vanuit haar behandelvisie.

En verder...
Amsterbaken heeft de beschikking over een medische dienst, waar een verpleegkundige, een psychiatrisch verpleegkundige, een psychiater en een huisarts aan verbonden zijn.
Alle jongens van Amsterbaken kunnen een beroep doen op geestelijke verzorging van een (oecumenische) pastor of een imam. Daarnaast is er een afdeling culturele maatschappelijke vorming (CMV), die recreatieve en educatieve activiteiten organiseert voor de jongens buiten de reguliere schooltijden.